染色体较长的在HaplotypeCaller这一步完了以后应该怎么建立索引?

由于染色体太长,在HaplotypeCaller这一步报错了,所以我就没有构建索引但是想要CombineGVCFs的话必须有索引文件,我应该怎么建立呢?(尝试了gatk IndexFeatureFile 和bcftools -t都因为太长步支持,又尝试了bcftools -c可是这个建立的索引CombineGVCFs不识别)

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

按照课程里面的命令来运行即可,:https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 

HaplotypeCaller报错了是不是你电脑的内存不够 ,这步样本越多越挺耗内存的准备100G以上的内存吧

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  • 荣荣荣~~~ 提出于 2021-07-14 18:14

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