在BSA分析结果中，对候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno的SNP位点进行查看并与all_sample_snp.vcf对比发现在这个候选区域中，有些位点没有，这是什么原因？ 候选区域及候选区域基因注释的文件中，如snp位点142198是一个在父母本中纯合的位点，但是在候选区域中的位点中却没有这个位点，请问是什么原因（这个BSA分析是在你们公司做的），为什么会被过滤掉？同样在候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_ann中的一些位点在all_sample_snp.vcf中也没有？我的理解不应该是候选区域文件中应该是包括这段区域里面所有的snp吗？

下面的这两个文件分别是从候选区域和所有snp位点的文件中红截取的相同区域