MCSCANX共线性图代码报错 - 组学大讲堂问答社区

MCSCANX共线性图代码报错

老师，在使用MCSCANX做共线性图时，代码报错，请求老师帮助解决，谢谢（WIN10 64位操作系统）

sudo java family_circle_plotter -g /home/manager/share/result/at.gff -s /home/manager/share/result/at.collinearity -c /home/manager/share/result/family.ctl -f /home/manager/share/result/MADS_box_family.txt -o /home/manager/share/MCScanX/MADS.circle.PNG

报错信息：

Reading gff error: 2

Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException

at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197)

at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)

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分类：基因组学

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2018-10-15 10:29

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

是用我们的biolinux做的吗？应该cd到MCScanX的安装目录，再运行代码：

检查一下gff文件是不是存在，以及格式是否正确；

cp 2018-10-15 15:15

老师，我是用您们的biolinux, 也cd到MCScanX的安装目录执行，检查了GFF文件，现在运行GFF文件没有报错，但family_circle_plotter报了其他行的错误,253行， loc2=gene_feat.get(gene2.get(i)).toString();

另外MADS.circle.PNG是自动生成，还是要先手动创建这个文件？是不是文件夹或文件读取权限有需要设置，我是win10 64位操作系统，linux64位需要安装mcscanx paint插件吗？

求助您帮助解决，感谢

at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:253)

at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)

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cp 提出于 2018-10-15 00:11