老师您好，在您的课程《基因组重测序数据分析实操课程》中：变异结果注释ANNOVAR，在运行table_annovar.pl 如何解决报错：Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

老师您好：下面是命令行和输入文件格式

命令行及具体报错信息：

输入文件格式：

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2021-09-27 09:47

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

有些参考基因组里面有一些 ambiguous 碱基(杂合碱基) ，ANNOVAR处理不了，这是作者的回答：https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/misc/faq/

解决办法就是将 ambiguous 碱基根据IUPAC ：（https://www.omicsclass.com/article/409 ）编码替换成一单个碱基；