老师您好！
我的问题是我现在有两个转录组序列1跟2，我想做的是将转录组1中的所有序列跟转录组2所有序列中进行两两比对(不是blast，需要全局比对)，最后只需要转录组1中所有序列与转录组2对比序列相似性最优结果，比如1中有1000条序列，对应到2中相似性最优的序列也有1000条。这样可以实现吗，如果可以，我们可以详细聊一聊。
你的两个转录组是有参的还是无参的？什么物种？
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