你写的脚本不对：

这里有个根据ID，提取序列的脚本，你可以参考一下：

#script www.omicsclass.com
die "perl $0 <id><fa><OUT>" unless(@ARGV==3);
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
my$in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[1]" ,
                               -format => 'Fasta');
my$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$ARGV[2]" ,
                               -format => 'Fasta');
my%keep=();
open IN ,"$ARGV[0]" or die "$!";
while(<IN>){
        chomp;
        next if /^#/;
        my@tmp=split(/\s+/);
$keep{"$tmp[1].1"}=1;  #注意这里加了.1  注意转录本ID与基因ID对应
}
close(IN);
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
            my($id,$sequence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);
            if( exists $keep{$id}){
            $out->write_seq($seq); 
    }     
}
$in->close();
$out->close();

不会写脚本，可以用下工具：https://www.omicsclass.com/article/64