我根着组学大讲堂中基因家族分析的流程做,用小麦最新参考基因组分析,做到提取基因的上游1500bp时,显示out of memory,然后我修改了虚拟机内存,再运行还是同样问题。于是我想可能是小麦基因组太大,所以我单独提取了每条染色体上基因家族的位置信息,有单独下载了每天染色体的基因序列,但是提取时仍然出现问题。显示zsh: killed ,请老师帮我看看哪里出问题了,该怎么改?
是小麦的基因组吗?小麦基因组巨大,看你的内存总共4G,一下子读入内存肯定不行;
我们的脚本是把参考基因组一下子都读进内存的,如果参考基因组文件太大,就会内存不足;
建议用get_fa_by_id.pl脚本把参考基因组分隔成不同的染色体,然后分染色体提取序列;最后 合并结果;
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谢谢您的回答。我已经把小麦参考基因组的每条序列下载,单独提取,可仍然不行。像上图里的1A染色体的基因组文件只有589848kb(576M),这样没存仍然不够吗?