mutmap方法为什么必须要有回交过程?

您网页中写到:要使用mutmap的定位方法:
1.一般为隐性突变,最好是EMS诱导的点突变;
2.必须测野生型基因组
3.必须有回交过程:纯合之后再与野生型回交,再自交得到F2.

为什么必须要有回交过程?比如:EMS诱变野生型3000份材料,共获得1000份表型(比如地上部分的籽粒性状、花色性状等)突变体。后续对茎色进行突变表型筛选,在M7代1000个品系中,筛选获得30个茎色为紫色的突变体,难道不可以不经过回交,直接将这30个品系分别提取DNA,然后再等量混合进行二代全基因组重测序,从而扣 snp,以定位到基因么?  此方法和将这30个稳定突变体材料分别与也野生型杂交获得F1代,F1代自交获得茎色分离3:1,分别构建野生型混池和突变型混池,进行二代全基因组重测序,从而扣 snp,以定位基因。以上这两种方法有什么区别?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

回交是避免搭便车效应,避免假阳性。你不能保证你这个突变株 与野生型只有关注的位点不一样,其他地方完全一样。

在M7代1000个品系中,筛选获得30个茎色为紫色的突变体,难道不可以不经过回交,直接将这30个品系分别提取DNA,然后再等量混合进行二代全基因组重测序,从而扣 snp,以定位到基因么?  你这个方法就不是mutmap了是qtl-seq 



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  • 提出于 2021-12-22 10:53