利用emmax进行GWAS分析

使用脚本计算亲缘关系矩阵时，无法生成pop.kinship.BN和pop.kinship.Ibs这两个文件。

#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship

emmax-kin-intel64 -v -s -d 10 -o ./pop.kinship.IBS snp_var

#kinship 亲缘关系矩阵计算 BN-kinship

emmax-kin-intel64 -v -d 10 -o ./pop.kinship.BN snp_var

默认排序时间排序

2 个回答

omicsgene - 生物信息 2022-02-16 11:05

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

电脑内存不足，任务杀死了；需要升级电脑内存：

猫爪草 2022-02-16 15:16

老师您好！我的电脑是16G+(512+1T),给docker分配了8G,CPU3个。还是出现这样的问题。vcf大小31M.30000多个位点，出现这样内存不足的原因，希望得到您的指导。