gatk4 HaplotypeCaller报错

老师您好!在做变异组的时候有如下问题

命令:gatk --java-options -Xmx2g  HaplotypeCaller -R genome.fasta -I test.bam -O test.g.vcf.gz -ERC GVCF

报错:A USER ERROR has occurred: Bad input: We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided input sequence: '13'

请问这个怎么解决呢?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

13号染色体  碱基 有问题,   你查查有没有 ATCGN之外的字符

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  • xinhj 提出于 2022-02-20 22:18

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