正常的，你继续运行吧
PSMC分析需要测序深度18X以上，深度太低结果会不好
3 个回答
但是我下步算出来的psmc.fa文件是空的，是不是bam文件我自己做的有问题，麻烦老师看下我的代码有问题吗
bwa index P_V2.Hic.fna -p bamboo
bwa mem -t 28 bamboo/bamboo psmc/FJSX105.1.fq.gz psmc/FJSX105.2.fq.gz >FJSX5.sam
samtools view -@ 28 -bS FJSX5.sam > FJSX5.bam
samtools sort -@ 25 FJSX5.bam -o FJSX5.sorted.bam
samtools rmdup FJSX5.sorted.bam FJSX5.sort.rmdup.bam
请问一下，你的问题解决了吗？我遇到了和你一样的问题O.O