indel引物设计

进入虚拟机之后，按照老师的文件走一遍流程，很顺利。

但是换成我自己的就运行不出来了，我有几个小问题，实在不太清楚，麻烦老师帮我解答：

1.fa文件需要这个物种的全基因组么？

2。indel的vcf文件怎么获得的？我有一个excel的文件，里面有indel位置、序列啥的。可以直接用这个转换成vcff文件用么？我咋转换不了

默认排序时间排序

1 个回答

omicsgene - 生物信息 2022-05-08 16:18

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的indel 是基因组上的吧；

如果是，indel两边的序列需要到基因组上截取，所以需要整个基因组；

vcf文件你看看，自己转换；

引物设计和vcf文件获得可以学习重测序课程；https://zzw.h5.xeknow.com/s/1VQOjQ