串联重复基因必须是同一条染色体上的基因吗

最近分析串联重复基因，按照视频中的做完，发现很多串联重复基因并不存在与同一条染色体上，请问它们属于串联重复基因吗？

这是blast结果

这是序列长度文件

这是最后得出的筛选结果

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2018-11-01 21:33

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

串联重复基因当然是相同的染色体了：看看定义: https://www.omicsclass.com/question/1

blast分析的串联重复基因或者大片段复制基因，这个需要自己判断，如果在同一条染色体且距离小于100k时为串联重复；不同文献判断参数有差异；例如下文献：

还可以利用MCScanX分析基因的串联重复与复制，课程后面会有；