所测材料与参考基因组品系为相同生态型，此时是可以只测2个子代池的，以参考基因组为一致性序列计算SNP-index。假如，所测材料与参考基因组存在较大的差异，就会导致出现大量假阳性SNP。所以，还是推荐测双亲和2个子代池，尽可能排除背景噪声，减少假阳性SNP。

如果研究的性状是数量性状，最好测2个亲本及2个子代池，其次是1个亲本和2个子代池。不推荐只测2个子代池，会出现较多假阳性SNP。