你这个提取序列脚本是提取基因上游的promoter序列吗?
如果是的话,有些基因位置位于序列的开头,或者结尾,导致promoter序列(比如1500bp)就没有足够的序列可以提取导致程序报错;
这个脚本比较老了,我们新课程已经更新了这个脚本; https://study.omicsclass.com/index
老师您好:
我是根据视频学习到做顺势作用原件分析时出现问题:
我是做的甜樱桃HSP70基因家族,下面是我使用get_gene_weizhi.pl后得到的gene_weizhi.txt:
如图所示,第二列并不是某一条染色体,我想是我的樱桃基因组数据组装的原因,我想请问,这种情况还能继续往下做分析吗?第二列数据是代表什么呢?
我继续使用tiquxulie.pl时,出现下图报错:
如图所示,我看我的问题是提取的序列长度大于序列总长??像这样的情况怎么解决呢?还能继续往下做吗??
下面是我的樱桃gff3文件截图:
下面是我的樱桃dna.fa文件:
综上,我的问题有2个:
1. gene_weizhi.txt第二列并不是某一条染色体,我想是我的樱桃基因组数据组装的原因,我想请问,这种情况还能继续往下做分析吗?第二列数据是代表什么呢?
2. 继续使用tiquxulie.pl时,出现报错: 提取的序列长度大于序列总长??像这样的情况怎么解决呢?还能继续往下做吗??
实在很小白,谢谢老师解答!
你这个提取序列脚本是提取基因上游的promoter序列吗?
如果是的话,有些基因位置位于序列的开头,或者结尾,导致promoter序列(比如1500bp)就没有足够的序列可以提取导致程序报错;
这个脚本比较老了,我们新课程已经更新了这个脚本; https://study.omicsclass.com/index
如果觉得我的回答对您有用,请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作!