5 R 语言批量做相关性分析correlation
最佳答案 2018-07-22 07:00
可以把每个基因的转录组和蛋白组的表达数据整理成一个表格，每一行代表一个基因，例如我下面的表格整理了，转录组和 蛋白组的表达数据，左边8列是蛋白数据，右边8列是转录组数据，需要对每一行求相关性； 可以做蛋白质组和转录组之间的相关性。
corResult=apply(fpkm,1,function(x){
cor(x[1:8],x[9:16],method="spearman")
})
hist(corResult)
corResult_test=apply(fpkm,1,function(x){
cor.test(x[1:8],x[9:19],method="spearman",exact = F)$p.value
})
table(abs(corResult)>0.65 & corResult_test<0.05)
相关性数值分布：
Xiao C, Ye J, Esteves RM, Rong C. Using Spearman's correlation coefficients for
exploratory data analysis on big dataset. Concurr Comput Pract Exp 2016; 28:
3866–3878.
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