16S扩增子测序抽平问题。

我们在华大进行了16s测序,华大是对tags数进行了抽平之后聚类生成OTU table,获得了1400个OTU物种。我们课题组拿到数据后进行了OTU过滤,过滤后保留了300多个OTU。这时样本OTU总丰度波动范围从2w到6w。在过滤后的OTU table基础上进行后续的分析(多样性,差异特征,和代谢物关联等分析),这时候可需要对OTU table进行抽平处理或者计算相对丰度(因为前期华大对tag已经进行了抽平)?如果对滤后的OTU table进行抽平,那么整个流程就进行了两次抽平,是否合理?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这时样本OTU总丰度波动范围从2w到6w。 这里有问题;

抽平之后,每个样本里面的OTU总丰度应该是一样的;
你再确认一下华大是否抽平

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