LD热图绘制问题

在绘制LD block过程中，输入LDBlockShow -InVCF $vcf -OutPut LD -Region Chr6:1413298-1613298 \

-OutPng -SeleVar 2 然后显示没有snp，然后无法绘图。但是我用vcftools提取该范围的vcf文件，是存在snp的啊

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4 个回答

omicsgene - 生物信息 2022-11-01 12:08

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你检查你的VCF文件，这个区域有SNP吗？

或者这个区域太小了，你扩大区域试试的；

昵称无限无视 2022-11-01 15:06

还是没有办法，vcf文件拆分是都有snp的我试了200K的范围都说我没有snp

*magic*雪影 2023-12-05 10:11

找到解决的办法了吗，我遇到了跟你一样的报错！求解答

77. 2023-12-14 17:13

我也遇见这个问题了，请问解决了吗，