cytoscape绘制网络图

cytoscape的conet绘制OTU网络图时,我想查看耐药基因与微生物群落co-occurrence关系,可以把耐药基因丰度作为环境因子录入吗

培训视频里介绍conet处理数据时最大数据量是5000,数据量更大的情况下怎么办?



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1 个回答

Daitoue

可以,相当于性状一样,不过数据量太大会然电脑卡爆的,可以试试删一些低丰度的OTU,或者不要用太低层级的OTU丰度矩阵,如果种的太多,就用属的,譬如这样~

用MENA也行,在后续分析也存在类似关于环境因子的结合的操作

界面在:Analyze the networks  部分,点击进入,然后下方会由环境因子相关性计算之类的,之后按照页面提示选择需要分析的网络并提交准备的性状数据文件即可,这边部分是后来摸索出来的,你先自己试试基本流程和文件格式。

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参考文章:https://www.omicsclass.com/article/558  MENA如何结合OTU共现性网络与环境因子

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  • 泽雨 提出于 2018-11-13 21:15

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