BSA分析,野生型亲本,抗性混池

野生型亲本,抗性混池,用gatk生成gvcf,再转为VCF,筛选出SNP。直接运行:vcftools --gzvcf merge.snp.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout  --max-missing 1 --minDP 4  --maxDP 1000  --minQ 30  --min-alleles 2  --max-alleles 2  |gzip - > merge.snp.clean.vcf.gz;mutplot -v merge.snp.clean.vcf.gz -r SZCTP1 -b SZCTR5  --N-bulk 29 -m 0.3 --out merge_pl。怎么几乎所有染色体都有定位啊?

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1 个回答

生信老顽童

如果没有报错的话,那就要看看你的材料是不是有问题。是不是严格按照mutmap的方法构建的分离群体。

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  • 徐鹏程 提出于 2022-11-28 14:03

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