如何构建鱼类物种种质资源基因组数据库?

单位需求:想咨询如何做一个科研单位的基因组数据库,或者有没有能够做这一数据库的公司。

对黄河濒危鱼类全基因组序列进行扫描建库,共得到455.4亿个基因碱基原始数据,数据量为156.35 Gb。

对序列片段进行基因组组装,得到基因组序列总长为806.01Mb;有约794.43 Mb长度的序列挂载到30条染色体上;在定位到染色体上的序列中,能够确定顺序和方向的的序列长度约778.20 Mb,占定位染色体序列总长度的97.96%。

对获得的23000万个基因进行功能注释,有99.35%的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中。

1.物种信息:(物种信息和研究进展)介绍该物种的进化地位、特性、科研进展等;

2.基因组信息:(基因组数据库)介绍基因组大小、组装结果、注释结果、图谱、共线性分析等;

3.FTP服务器:方便下载基因组相关数据;

4.可视化Blast 服务器:方便从基因组、CDS、蛋白序列中提取关心的序列。

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  • 众木成林 提出于 2022-12-13 20:48

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