基因组课程结构注释：未提及Iso-seq全长转录组如何使用

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-01-30 12:16

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

三代的数据可以用pacbio的isoseq工具得到转录本序列，用cdhit去冗余之后的序列输入PASA就行；

如果觉得三代的质量好就设置这些ID到：FL_accs.txt

注意：gmap和blat，minimap的功能一样。我们的基因注释docker镜像中PASA用gmap比对可能得不到结果，所有没有设置，用minimap和lbat效果一样的

参考：

https://academic.oup.com/hr/article/doi/10.1038/s41438-021-00476-4/6446661