使用plink做pca分析时报错

你好,我在用使用plink做pca分析时报错。

Error: Invalid chromosome code 'chr27' on line 30616892 of .vcf file.
(This is disallowed for humans.  Check if the problem is with your data, or if
you forgot to define a different chromosome set with e.g. --chr-set.)

使用的命令如下:

plink --vcf  $workdir/2022_clean.vcf.gz --pca 10 --out  plink_pca   \
    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#    --vcf-half-call missing

请问是什么原因?

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1 个回答

诈胡

解决了,要加上命令 --chr-set n    n等于染色体数目

但是我翻了一下记录,我在22年年初做的时候就没有这行命令,也能成功运行,不明白是什么原因

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  • 诈胡 提出于 2023-01-31 16:41

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