解决了,要加上命令 --chr-set n n等于染色体数目
但是我翻了一下记录,我在22年年初做的时候就没有这行命令,也能成功运行,不明白是什么原因
你好,我在用使用plink做pca分析时报错。
Error: Invalid chromosome code 'chr27' on line 30616892 of .vcf file.
(This is disallowed for humans. Check if the problem is with your data, or if
you forgot to define a different chromosome set with e.g. --chr-set.)
使用的命令如下:
plink --vcf $workdir/2022_clean.vcf.gz --pca 10 --out plink_pca \
--allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --vcf-half-call missing
请问是什么原因?