3 GWAS分析中，Emmax对于SNP数量是否有要求？
各位大佬好，最近在用Emmax进行GWAS全基因组关联分析研究。但发现前面得到的6千万个SNP位点，但在emmax-intel64后仅有前2千万个SNP进行了分析。请问这类软件对于SNP数量有要求吗？
最佳答案 2023-02-01 08:40
这个GWAS关联分析SNP的数量，关联分析群体的基因组平均连锁距离有关，平均连锁距离越大需要的SNP序列越少；
这个可以用群体遗传进化分析中的LDdecay分析得到群体平均连锁距离。
并不是SNP数量越多越好，因为处在同一个连锁区段的SNP，选取其中一个SNP代表这个单倍型就行。
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