关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的（如下），但是如果用singularity启动，相关的命令参数如何更改？我能查到的是-v对应singularity中的-B，其它-p --name -e -d 该如何修改？

mysql_server.sh脚本文件中：

#启动镜像

docker run -p 3399:3306 --name mysql_pasa \

-v $PWD/log:/var/log/mysql \

-v $PWD/data:/var/lib/mysql \

-v $PWD/conf:/etc/mysql \

-e MYSQL_ROOT_PASSWORD=123456 \

-d mysql:5.7

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-03-08 22:48

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

singularity 用不了mysql;

更改PASA配置文件用sqlite 数据库，课程里面有讲的；

cashing 2023-03-08 23:09

为什么singularity 用不了mysql ？

用sqiite数据库的话，其结果和用mysql数据库有差异吗？