老师,我的文本矩阵中已经全部是数值型数据了,没有NA的形式,在运行简单热图代码pheatmap(ORFs)时可以成功;但是在标准化后在运行热图代码pheatmap(ORFs,scale = "row")时就显示了和之前同样的下列错误,这是为什么呢?麻烦老师,多谢啦。

新:Species_ORFs_heatmap.R                Perl_result5_revise              旧: Perl_result5_revise     genus_ORFs_heatmap.Rattachments-2018-11-wnSHtOBJ5bf57704d283b.jpg

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最佳答案 2018-11-23 23:26

数据里面有没有全零的可能?全零的话做不了scale,譬如:

scale(c(0,0,0,0,0,0,0,0,0))
      [,1]
 [1,]  NaN
 [2,]  NaN
 [3,]  NaN
 [4,]  NaN
 [5,]  NaN
 [6,]  NaN
 [7,]  NaN
 [8,]  NaN
 [9,]  NaN
attr(,"scaled:center")
[1] 0
attr(,"scaled:scale")
[1] 0

调试结果:第327行转换数值向量后scale,取10个结果:

> scale(as.numeric(A[327,]))[1:10]
 [1NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN



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其它 1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

肯定有全0的,你再检查一下;

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  • Bella 提出于 2018-11-21 23:22