基因组注释 genome.chain 文件生成问题

老师您好,请问我在用 omic 的镜像生成 genome.chain 文件时,出现 KeyError: 'ptg000026l:::fragment_1' 的错误,老师该如何解决?

下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容:

Chr15   29259691        30651746        15      W       ptg000397l      1       1392056    +

Chr15   30651747        30651846        16      U       100     scaffold        yes     proximity_ligation

Chr15   30651847        40661077        17      W       ptg000026l:::fragment_1    1       10009231        +

Chr16   1       7134318 1       W       ptg000026l:::fragment_3 1       7134318    +

Chr16   7134319 7134418 2       U       100     scaffold        yes     proximity_ligation

Chr16   7134419 10320196        3       W       ptg000094l      1       3185778    -


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  • 提出于 2023-04-02 14:38

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