老师您好,请问我在用 omic 的镜像生成 genome.chain 文件时,出现 KeyError: 'ptg000026l:::fragment_1' 的错误,老师该如何解决?
下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容:
Chr15 29259691 30651746 15 W ptg000397l 1 1392056 +
Chr15 30651747 30651846 16 U 100 scaffold yes proximity_ligation
Chr15 30651847 40661077 17 W ptg000026l:::fragment_1 1 10009231 +
Chr16 1 7134318 1 W ptg000026l:::fragment_3 1 7134318 +
Chr16 7134319 7134418 2 U 100 scaffold yes proximity_ligation
Chr16 7134419 10320196 3 W ptg000094l 1 3185778 -