关于基因组功能注释脚本(interproscan.sh -i interproscan.pep.fa \ -b interproscan.out -f "TSV" \ -cpu 10 -dp -t p -pa -goterms -iprlookup \ -T ./tmp )运行不成功,总是停留在84% completed,没有报错,请问要怎么解决?

attachments-2023-04-o4fVHr5u644913fcd1d2f.jpg再次进入容器时是卡主的。log中每小时更新一条信息,均为84% completed,tmp文件夹中不再更新文件。独享服务器(内存300G,28线程),设置了cpu=10,线程数=10

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最佳答案 2023-05-01 08:25

有些数据库不需要的话可以不用注释:

用这个参数指定: -appl CDD,COILS,Gene3D,HAMAP,MobiDBLite,PANTHER,Pfam,PIRSF,PRINTS,PROSITEPATTERNS,PROSITEPROFILES,SFLD,SMART,SUPERFAMILY,TIGRFAM

试试运行这个:13.func_uniprot_interproscan2.sh


interproscan.sh -i interproscan.pep.fa \
   -b interproscan.out -f "TSV" \
  -cpu 48 -dp -t p -pa -goterms -iprlookup \
  -T ./tmp   -appl CDD,COILS,Gene3D,HAMAP,MobiDBLite,PANTHER,Pfam,PIRSF,PRINTS,PROSITEPATTERNS,PROSITEPROFILES,SFLD,SMART,SUPERFAMILY


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  • 提出于 2023-04-26 20:12

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