10 使用ALLHIC流程只挂载出了一条染色体

您好，我按照流程处理自己的数据，在ALLHiC_partition -b sample.clean.bam -r draft.asm.fasta -e  DpnII -k 15这一步，因为测序的物种是15条染色体，但运行后只有1个group出现：sample.clean.counts_GATC.15g1.txt，没有出现预期的15个group,请问是什么问题？谢谢

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5 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

检查shell脚本一些参数是不是设置错误：用的酶 名字，碱基等

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LingJian
仔细检查了都|没错误
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Mr.Black

有可能这15条染色体在一个group里，就是一条contig就是一条染色体

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xxh

ALLHiC相当于Lachesis的升级版能够分型，他俩的特点是对于contig基因组拼接的准确性要求非常高，出现拼接错误很容易出现染色体聚类错误的情况，最快速的方法是用3ddna，一定能获得想要的染色体数目，其次是用ALLHiC流程中加入自带的纠错脚本这一步结果看运气，再其次是用3ddna纠错后的基因组再跑ALLHiC。虽然 3ddna排序错误率较高，但从染色体长度与基因长度来看并不影响后续基因结构预测的准确性。

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Zhou MJ

你好，请问你后面如何解决这个问题的

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  • LingJian 提出于 2023-05-18 10:14

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