1. 我们的deep TE用的是自带的库预测分类，方法不一样；
2.
第99行和第204行的区别：运行RepeatMasker结果文件的不同
第99行：生成的contig.fa.masked文件，其中的重复序列是用N表示
参数不一样，xsmall 表示小写ATCG为repeat soft mask
第204行：同样生成contig,fa.masked，其中的重复序列用小写字母表示。
两者不同，原因是什么？
3.
最后是重复序列同源蛋白预测：这个是重复序列注释流程：
关于动植物基因组组装课程中关于重复序列注释的问题
动植物基因组组装课程，01.Repeat.sh中有几个问题：
1、 第175行：#deepTE 分类
根据https://www.jianshu.com/p/85e54962e2bc一文介绍，先用DeepTE_domain.py对保守domain进行鉴定，再用DeepTE.py借助上一步的保守domain信息分类TE。
课程中没有对保守结构域进行鉴定，直接进行TE分类，原因是什么？没有必要？
175行截图：
https://www.jianshu.com/p/85e54962e2bc：网页截图
2、第99行和第204行的区别：运行RepeatMasker结果文件的不同
第99行：生成的contig.fa.masked文件，其中的重复序列是用N表示
第204行：同样生成contig,fa.masked，其中的重复序列用小写字母表示。
两者不同，原因是什么？
3、第244行：同源蛋白重复序列注释，不太理解这个步骤的目的是啥？请老师详细解释，谢谢！
