gatk callSNP 和bcftools call snp 哪个会更好一些，bcftools得到的 all raw vcf.gz ,也是使用4.snp_indel的过滤1/2/3 步骤进行过滤嘛？过滤1：gatk VariantFiltration过滤2：vcfutils.pl过滤3：vcftools。 - 组学大讲堂问答社区

gatk callSNP 和bcftools call snp 哪个会更好一些，bcftools得到的 all raw vcf.gz ,也是使用4.snp_indel的过滤1/2/3 步骤进行过滤嘛？过滤1：gatk VariantFiltration过滤2：vcfutils.pl过滤3：vcftools。

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omicsgene - 生物信息 2023-07-31 06:02

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

两种方法都是可以的，不过大多数文章用GATK

得到vcf文件，后面过滤代码都可以用

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红红火火提出于 2023-07-29 21:39