老师您好,我在做基因家族表达量热图的时候没有找到合适的FPKM文件。我做的物种是草莓A种的HSP70基因家族,数据库上有B种草莓的转录组数据,这两种草莓的基因注释的ID不一致,这个时候我可以利用blast本地建库来匹配A种草莓与B种草莓的基因吗?也就是X基因在A草莓有一个ID,B草莓有一个ID,利用序列的相似性对应起来ID,再把鉴定到的A草莓的HSP70家族的ID与B种草莓ID对应起来,再做表达量热图这样可以吗??我不知道这种思路是否是正确的??
你做的A种,却用B种的转录组数据去看A种的家族成员的表达模式,这不合理吧?建议还是去找A种的转录组数据,或者自己测一下。