整体核苷酸多样性（pi值）可以通过计算整个基因组中的核苷酸变异率来获得。具体计算方法如下：
首先，将基因组序列分成若干个长度相同的的小窗口（滑动窗格）。
对于每个窗口，计算其中每个位点的核苷酸多样性（pi值）。
将所有窗口的pi值取平均值，得到整体pi值。
整体pi值反映了整个基因组中的核苷酸多样性水平，它反映了群体中的遗传变异程度。整体pi值越高，说明群体中的遗传变异越多，反之则说明群体中的遗传变异越少。
