这个都是一些断的scafford，使用的原始数据是完整的吗，大概有多少G呢？目前解决办法如下：
1、在跑命令时可以增加轮数（-R选项），可以重新指定更近缘物种的叶绿体完整组装序列作为参考（-s 选项），或者不指定-s选项。各种都尝试跑一下命令。
2、如果按法一尝试了各种命令还是不行，那可能是测序数据不够，或者可以拿最长的一条contig出来，去novoplasty里作为种子序列进行延伸，看是否能延伸出完整序列。