hifiasm结果偏大怎么办，是什么原因呢

基因组survery做出的结果是1g，但是hifiasm的拼接结果是2g，是什么原因呢，需要用purge_dup去冗余吗

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-08-09 09:10

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你这个相差太大，是不是基因组survery 做的有问题；多倍体建议用GenomeScope 2.0 评估，GenomeScope 1.0可能评估错误

在线评估网站：http://qb.cshl.edu/genomescope/genomescope2.0/

✿果儿✿ 2023-08-09 15:00

首先不清楚你的基因组复杂度是什么情况。建议重新评估一下基因组大小的同时，用BUSCO评估看一下组装结果 D值是不是很高，评估是否装的太冗余了。purge_dup去杂合再看D值。