Admixture算STRUCTURE,出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事,算了好几组数据都这样

老师您好,我算了五组数据,结果的CV值都随着K增大而递增,用的是群体遗传进化课程中docker的代码,如下:


workdir=/work #设置工作路径

refdir=$workdir/ref

datadir=$workdir/data

scriptdir=$workdir/scripts

export PATH=$scriptdir:$PATH


GROUP=$datadir/yuan.txt


#LD过滤

plink --vcf  $workdir/00.filter/YuanJiang.vcf.gz  --indep-pairwise 50 10 0.2 --out ld   \

    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#

#提取

plink --vcf  $workdir/00.filter/YuanJiang.vcf.gz  --make-bed --extract ld.prune.in  \

    --out LDfiltered --recode vcf-iid  --keep-allele-order  --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#


#转换成plink格式

vcftools --vcf LDfiltered.vcf --plink \

    --out plink

#转换成admixture要求的bed格式

plink --noweb --file plink  --recode12 --out admixture \

     --allow-extra-chr  --keep-allele-order



#admixture 群体结构分析

for k in {2..8};do

    echo "admixture -j2 -C 0.01 --cv admixture.ped $k >admixture.log$k.out"

    admixture -j2 -C 0.01 --cv admixture.ped $k >admixture.log$k.out

done



结果基本都这样admixture.log2.out:CV error (K=2): 0.72510

admixture.log3.out:CV error (K=3): 0.89316

admixture.log4.out:CV error (K=4): 0.97867

admixture.log5.out:CV error (K=5): 1.15691

admixture.log6.out:CV error (K=6): 1.33166

admixture.log7.out:CV error (K=7): 1.54018

admixture.log8.out:CV error (K=8): 1.69137



admixture.log2.out:CV error (K=2): 0.60059

admixture.log3.out:CV error (K=3): 0.64067

admixture.log4.out:CV error (K=4): 0.67554

admixture.log5.out:CV error (K=5): 0.71547

admixture.log6.out:CV error (K=6): 0.77872

admixture.log7.out:CV error (K=7): 0.83947

admixture.log8.out:CV error (K=8): 0.90153


五组都是这样递增的,请问是什么情况?



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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可能是你的数据问题,没有明显的群体分层

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  • 薄信 提出于 2023-08-19 21:36

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