做GWAS分析的vcf文件就是gvcf直接合并的raw.vcf文件还是经过过滤后的clean.vcf文件呢？需要将snp和indel分离吗？
使用经过过滤的cleanvcf文件，SNP和indel都可以做gwas，indel做GWAS需要单独格式转换，因此我们一般去除INDEL只用SNP做GWAS分析；
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