叶绿体GetOrganelle组装不成环,调整后还是不行

attachments-2023-09-b5gTOlXw64fd1960413d7.png叶绿体GetOrganelle组装不成环,按照植物叶绿体组装后,发现结果不成环状,要怎样调整其成环呢 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)的方法调整后,还是出现问题:

1、GetOrganelle组装:增加轮数(-R选项),重新指定更近缘物种的叶绿体完整组装序列作为参考(-s 选项),或者不指定-s选项,均不成环:contigs有15段。

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attachments-2023-09-kct57rjY64fd192573d56.png2、novoplasty组装:Building Hash Table...Killed!

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2 个回答

星莓 - 生物信息工程师

GetOrganelle组装得到的gfa图贴一下吧

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

电脑内存不够,为了防止电脑死机,系统自动杀死了任务:

看看这个:https://www.omicsclass.com/article/1413

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