重复序列鉴定

老师好,我在做重复序列鉴定的时候,运行到07.RepeatMasker去除基因序列文件的时候出现问题,具体如下:运行这个脚本:perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${lib}_blast_results.txt ${lib},会显示ProtExcluder1.2/这个文件夹里的多个脚本有权限问题,可是我并没有运行有权限问题的脚本。其次,这些脚本为什么会存在权限问题?权限和其他可执行的脚本并没有差异。最后一个情况就是运行完的库都是空的,请教其他同学也说是空的,demo运行的也是空的,这是为什么?MITE,homology和modeler都鉴定到TE,blast_results里面显示没有比对到,说明确实是TE,不是基因。我这样理解对吗?谢谢老师!!attachments-2023-10-9DaZmgUV65252050e6308.pngattachments-2023-10-Wy4J3iOp65251fbddb165.png

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

是在windows里面的docker运行的吗?

你可以把这些脚本加可执行权限试试:chmod a+x *pl 

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CaiMJ - 科研人员

是用的你们的docker镜像omicsclass/genome-annotation:v1.0,修改脚本权限之后就可以运行了,谢谢老师!

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  • CaiMJ 提出于 2023-10-10 18:04

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