有多个时期的转录组数据,如何进行基因注释

老师好,想问下如果有多个不同时期的转录组数据,在03.Braker.sh中,是分别进行比对获得bam文件,然后在braker.pl中输入多个bam文件吗?是的话,gff3文件可以是各个文件cat一起吗?还是有其他操作?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

把fastq文件cat到一起,比对一个bam文件即可; 

原始数据我是从NCBI下载的,不是一个团队的数据,也可以直接cat到一起吗?

omicsgene 回复 CaiMJ

可以

老师您好,我有多个时间段的转录组数据,而每个时间段都有三个重复,请问我这种情况也是cat三个重复的fq文件到一起比对一个bam文件吗?braker注释时它会去掉重复吗?

我尝试了一下,预测基因的数量远远大于预期

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  • CaiMJ 提出于 2023-11-01 12:53

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