你的命令行写错了吧，你贴一下命令行，才好给你支出错误

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py -g augustus.evm.format.gff3 -s $species -o augustus_gene_stat -S Augustus

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py -g snap.evm.format.gff3 -s $species -o snap_gene_stat -S SNAP

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py -g genemark.evm.format.gff3 -s $species -o genemark_gene_stat -S GeneMark-ET

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py -g geneID.evm.format.gff3 -s $species -o geneID_gene_stat -S GeneID

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py -g glimmerhmm.evm.format.gff3 -s $species -o glimmerhmm_gene_stat -S GlimmerHMM

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py -g gemoma.evm.format.gff3 -s $species -o gemoma_gene_stat -S GeMoMa

# stringtie 

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py  -g stringtie.evm.format.gff3    -s $species  -o stringtie_gene_stat -S StringTie

#统计pasa assembl整合之后的结果

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py  -g pasa_assembly.evm.format.gff3    -s $species  -o pasa_gene_stat -S PASA

#统计EVM整合之后的结果

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py  -g evm.gff3    -s $species  -o EVM_gene_stat -S EVM

#统计pasa update之后的结果

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py  -g contig.final.longest_isoform.gff3    -s $species  -o pasa-update_gene_stat -S PASA-update

#统计Final set 之后的结果

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py  -g final.gff3    -s $species  -o final_gene_stat -S "Final Set"

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###5. 不同软件预测基因汇总统计

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find ./ -name gene_stats.tsv  #快速查找文件

Rscript $scriptsdir/merge_tsv_files.r -i ./snap_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./glimmerhmm_gene_stat/gene_stats.tsv  \

   ./geneID_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./augustus_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./genemark_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./gemoma_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./stringtie_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./pasa_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./EVM_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./pasa-update_gene_stat/gene_stats.tsv \

  ./final_gene_stat/gene_stats.tsv \

  -b "Category" -p all_gene_predict_stat

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py  -g ../08.GeMoMa/Dentipellis_fragilis.longest_isoform.gff3  -s Dentipellis_fragilis  -o Dentipellis_fragilis_gene_stat -S "Dentipellis_fragilis"

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py  -g ../08.GeMoMa/Hericium_alpestre.longest_isoform.gff3  -s Hericium_alpestre  -o Hericium_alpestre_gene_stat -S "Hericium_alpestre"

python3 $scriptsdir/GeneStats_noSplice.py  -g ../08.GeMoMa/Hericium_erinaceus.longest_isoform.gff3 -s Hericium_erinaceus -o Hericium_erinaceus_gene_stat -S "Hericium_erinaceus"

#比对uniprot_sprot 数据库，用于筛选具有编码潜能的基因

diamond blastp --query  best_candidates.fasta --db $database/uniprot/uniprot_sprot_plants.fasta.dmnd --threads $threads  --evalue 0.000001  --outfmt 6 qseqid sseqid qlen slen pident length  mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore  stitle  --out uniprot.blast.out.tsv

#合并数据

cat Dentipellis_fragilis_gene_stat/all_gene_structure.tsv \

  Hericium_alpestre_gene_stat/all_gene_structure.tsv \

  Hericium_erinaceus_gene_stat/all_gene_structure.tsv

  final_gene_stat/all_gene_structure.tsv \

  >all_species_gene_structure.tsv

#基因结构比较绘图

Rscript $scriptsdir/gene_structure_plot.r -i all_species_gene_structure.tsv