基因家族中，不含有保守序列的基因要删除吗？

老师您好，想请问一个问题。我根据HMM和blast方法鉴定出基因，也经过NCBI CDD，interpro证明含有所需要的结构域。根据文献，该基因家族基本都有保守序列 HDEIDFEFLG，但是在多序列比对和motif分析时，发现几个基因并没有文献提到的保守序列，请问这种情况怎么处理，是删掉这几个基因还是保留？