老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，但是提取pep序列运行是正确的，这怎么解决呀 - 组学大讲堂问答社区

老师运行“ls aln_out/.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_./\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，但是提取pep序列运行是正确的，这怎么解决呀

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分类：基因组学

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-12-08 16:19

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你需要用seqkit合并数据之后才可以得到这个结果；

查看一下，是否有空的比对结果；

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欢乐马提出于 2023-12-08 15:39