15 get_gtf.pl 脚本修改请教
老师由于我是ncbi上下载的gff文件 格式与ensemble上的有差别 我想提取这段基因的内外含子结构但get_gtf.pl 提不出来
这是gff文件第九列信息样子
ID=cds39033;Parent=rna44550;Dbxref=GeneID:105319604,Genbank:XP_011415503.1;Name=XP_011415503.1;gbkey=CDS;gene=LOC105319604;product=neprilysin;protein_id=XP_011415503.1
查询所用的id号是 XP_011415503.1 我用的是网上课程附带的脚本
最佳答案 2018-12-11 11:00
尽量不要在NCBI上下载参考基因组，里面的编号NCBI会重新编码，你看看你物种参考基因组的文章，一般发布了基因组都会建立物种专有的基因组网站，你对应自己的物种去专用网站下载；
如果一定要用，可参考这个脚本将GFF文件修改一下，在网下进行分析：https://www.omicsclass.com/article/566
你的ID号和CDS的ID好不对应，所有提取不出来。
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