一次搜索多个结构域

老师好,请问想一次搜索多个pfam应该如何修改命令“hmmsearch --domtblout WRKY_round1_hmmerOut.txt --cut_tc WRKY.hmm ../01.data_prepare/Arabidopsis_thaliana.gene.pep.fasta”;

对于ring finger这种pfam众多的家族,可以一次性把所有pfam一起做出来吗?还是一次只能搜索一个然后手动把搜索出来的所有序列和ID合在一起?谢谢老师解答!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS


多个hmm文件可以cat一起,一起输入hmmsearch搜索多个的。

但是,新手建议分开搜索再合并

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  • 王一 提出于 2023-12-16 10:14

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