老师，我想问一下您，做群体遗传时，分析SNP 变异率时，可以用zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l得到总的SNP位点数除以参考基因组的大小来计算么？

另外对于vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode  --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05 --max-missing 0.8 --minDP 2 -- maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 0 --min-alleles 2 --max-alleles 2 --remove-indels |gzip - > clean.vcf.gz这里的参数调整以后，直接影响结果的大小比较，比较迷茫，如何根据自己的数据去调整合适的参数大小