你好同学，我想请问一下后来你是怎么解决你之前遇到的过滤后snp都没有了的问题？我遇到了类似的问题。

 Parameters as interpreted:

               --vcf ALL.snp.filter.vcf

               --recode-INFO-all

               --maf 0.05

               --max-alleles 2

              --maxDP 1e+03

              --min-alleles 2

              --minDP 2

              --minGQ 0

              --minQ 30

              --max-missing 0.8

              --recode

              --stdout

After filtering, kept 320 out of 320 Individuals

      Outputting VCF file...

      After filtering, kept 0 out of a possible 40089272 Sites

      No data left for analysis!

      Run Time = 2539.00 seconds

求助一下