GCVF合并

请教老师,在导入db这一步中,除了染色体,参考基因组还有contig7,contig53,contig164,这种怎么处理呢,-L 参数后面还需要跟contig吗?chr.list表格里还需要加上contig吗?

gatk  --java-options "-Xmx400g" GenomicsDBImport  \

  -L chr.list --tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 20 \

  --reader-threads 60 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 20 \

  --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

都加上吧,基因组的一部分不能少 了;

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  • yangxiang666 提出于 2024-01-10 10:33

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