用校正过的gb文件进行CPGAVAS2注释出现报错

我通过GeSeq进行注释后,用Geneious进行检查并手动纠错后,删掉了info和annotation行后,将这个库重新用CPGAVAS2进行注释,就会报下面的错说“no hit found”,请问是什么原因呢?


我的部分注释如下:




     gene            complement(4911..4984)


                     /gene="trnP-UGG"


     tRNA            complement(4911..4984)


                     /gene="trnP-UGG"


     gene            complement(5042..5566)


                     /gene="ORF174"


     CDS             complement(5042..5566)


                     /gene="ORF174"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MIFWKKFFQNSDSNTSSEKIFKKLIVLDKAFDSIEFKDIYLSST


                     KNINLYELEQLCDSVGWVKRPLKKVKIALKNSSIIISLIQKKDANTKLVGFARATSDN


                     GFNATIWDVVIHPDFQGLGLGKVVIHQLIQQLRQAEISTITLFAEPDVVSFYKKLGFI


                     KDPDGVKGMFWYPR"


     gene            5845..6390


                     /gene="psaF"


     CDS             5845..6390


                     /gene="psaF"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MFLNCLLALLLLSNPIIANAEVAGLVPCKDSAAFNKRMVNSVKK


                     LQTRLAKYDADTPPALALNKQIEKTKTRFATYGRAGLLCGTDGLPHLISDGRWSRAGD


                     FVFPGLLFLYITGWIGWVGRGYLLSVAKTSKPTEKEIILDVPLAIKFMSSGFAWPLAA


                     WQEFSSGQLIASNDDITVSPR"


     gene            6403..6531


                     /gene="psaJ"


     CDS             6403..6531


                     /gene="psaJ"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MNNNFTKYLSTAPVIGVLWMTFTAGFIIELNRFFPDVLYFYL"


     gene            6688..7173


                     /gene="apcD"


     CDS             6688..7173


                     /gene="apcD"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MSLVSQIIVNADDELRYPTIGELQSIQDYLITGSNRIRIATIIR


                     DKEKEIIQKASKQIFQLHPEYIAPGGNAAGSRKRSLCLRDYGWYLRLITYGVLAGDKD


                     SIETIGIIGVREMYNSLGVPIIGMLDAIQCLKEASLEMLDQDDIKIIAPYFDYIIRGM


                     S"


     gene            7510..8487


                     /gene="fabH"


     CDS             7510..8487


                     /gene="fabH"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MGVHILSTGSSVPNFSVENQQFEDIIETSDHWISTRTGIKKRHL


                     APSSTSLTKLAAEAANNALCAANLKPTDINLIILATSTPDDLFGSASQLQAEIGATAS


                     VAFDITAACSGFIIALVTATQFIQTGSYDNILVVGADTMSRWINWSDRTTCILFGDGA


                     GAVVLRQSLKNSILGFKLCTDGQLNSHLQLMNTPVNNQKFGVTEIPHGNYNSITMNGK


                     EVYKFAVFQVPTVIRQCLNNLNISIDEVDWFILHQANTRILEAIASRLSIPFSKMITN


                     LENYGNTSAASIPLALDEAIKSNKIQPGQTIVLSGFGAGLTWGAIVLKW"


     gene            complement(8496..8579)


                     /gene="trnL-GAG"


     tRNA            complement(8496..8579)


                     /gene="trnL-GAG"


     gene            8751..8870


                     /gene="psbX"


     CDS             8751..8870


                     /gene="psbX"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MTPSLSSFLNSLILGAVIVVVPITLALLFVSQKDRTIRS"


     gene            9148..10014


                     /gene="accD"


     CDS             9148..10014


                     /gene="accD"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MSLSNWPLKKENSEAYTIKNSKQITIPDGLWIKCFDCGLLMYSK


                     VLKRNLKVCPQCSYHFQASSNERIDQLIDQGSWQPMDVHLISTDPLGFKDQKLYSQRL


                     KDTALKTGLQDAVQTGIGTMQGRQVCLGIMDFRFMGGSMGSVVGEKLTRLLEKATQEK


                     LPAIILCASGGARMQEGMLSLMQMAKISSALEMHKKANLLYISVLTSPTTGGVTASFA


                     MLGDLIIAEPKALIAFAGRRVIEQTIKEDLPDNFQSSEYLFEHGFLDLIVPRTQLRSK


                     LIQILSLHTHSK"


     gene            complement(10064..10149)


                     /gene="trnA-1"


     tRNA            complement(10064..10149)


                     /gene="trnA-1"


     gene            10288..10779


                     /gene="psbV"


     CDS             10288..10779


                     /gene="psbV"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MLKRSSWLAALLGLLTIVSTSTHAHAIELDEATRTVPLESSGKT


                     VVLTPEQVKRGKRLFNNSCAICHNGGITKTNPNIGLDPESLGLATPQRDTIEGLVDYM


                     KDPTSYDGAESIAELHPSIKSAEIFPKMRNLTDEDLFTIAGHILLQPKIVSEKWGGGK


                     IYY"


     gene            10950..11282


                     /gene="petJ"


     CDS             10950..11282


                     /gene="petJ"


/exception="RNA editing"


/translation="MKKTLSVLFTVFSFFVIGFAQIAFAADLDNGEKVFSANCAACHA


GGNNAIMPDKTLKKDVLEANSMNSIDAITYQVKNGKNAMPAFGGRLVDEDIEDAANYV


LSQSEKGW"


     gene            11396..12550


                     /gene="carA"


     CDS             11396..12550


                     /gene="carA"


                     /codon_start=1


                     /transl_table=11


                     /translation="MMKKIPAILVLQDGTYYKGWSFQQEKQVITIGEVVFNTGMTGYQ


                     EIITDPSYFQQIVTFTYPEIGNTGINNQDIESNSISIKGLVAKNICKISSSWREQESL


                     VKYLSSHDIPFIFGIDTRSLTQYLRQFGTMNGCISTDSLNHSYLKQKISEIPGMQGLD


                     LIPYVTTGSVYPWDEKSLPNWYLTDRIRVQLVIQLKVVVIDFGVKLNILRRLATFGCQ


                     ITVVPAQTSLEDILAYQPDGILLSNGPGDPSAVHYGIQTVTNLLDHNVPIFGICMGHQ


                     ILNLALKAKTFKLKFGHRGINHPSGLNQQVEITSQNHGFAVDFYSVLESSIKVTHFNL


                     NDTTVAGTGHNQSPYFSVQYHPESSPGPHDADYLFENFVEIMTKSKQKVS"


请先 登录 后评论
  • 0 关注
  • 0 收藏,1044 浏览
  • yuyu 提出于 2024-01-12 21:58