plink报错

老师您好  我在用plink将vcf转tped格式的时候出现了报错Error: .bim file has a split chromosome.  Use --make-bed by itself to remedy this. 添加--make-bed后依旧没有解决  命令:

plink --vcf SV.vcf --maf 0.01 --geno 0.5 --recode 12 transpose --out SV_filter --set-missing-var-ids @:# --allow-extra-chr --keep-allele-order --make-bed

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的输入文件有问题吧,结构变异的文件格式可能有些格式问题;

建议自己收到转换需要的格式;



请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏,936 浏览
  • 李昂 提出于 2024-02-23 10:14